Santa Perpètua de Mogoda s'assenta sobre un antic nucli de poblament romà.

La primera vegada que s'esmenta aquesta església és el 998 quan es fa referència a les confrontacions d'un terreny. El recinte pre-romànic que existia s'hauria de situar a la nau colateral nord de l'actual i va constituir la base de la nau posterior com també la de l'altar del Santíssim que correspon a la capçalera rectangular d'aquella església.

A finals del XI s'iniciaren les obres d'ampliació: ampliació d'un campanar a la secció nord de l'edifici preexistent i una església nova adossada a la primitiva per la part sud. El campanar, que segueix la tipologia llombarda, està situat al pati de la rectoria i només s'ha conservat la part inferior.

Les obres de l'edifici es succeïren al llarg del temps. La façana sud mostra una decoració d'arquets llombards. La data establerta es va deduir de la que pertany a altres edificis de trets semblants, ben documentats, quan ja s'havia difós extensament el primer romànic.

El 1144 encara les obres d'aquesta església continuaven en actiu. El templer Ramon de la Rovira deixa en el seu testament a les obres de Santa Perpètua, un ase i el treball d'un home durant un any. No serà fins el 21 de novembre de 1178 que es consagrarà pel bisbe de Barcelona Bernat.

Capçalera de tres absis en creu en forma trevolada i el cimbori aixecat al centre del creuer s'ha eliminat l'estil llombard seguint noves tendències.

El temple queda mig amagat a causa del edificis que té al costat. Tanmateix, el campanar construit el segle XVII desvirtua el cimbori.

L'altar de l'església es va decorar amb un frontal d'estil romànic tardà, peça que trobem ara al Museu Diocesà. El frontal que trobem a l'església és una còpia de l'original.